2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。
斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。
可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号航向创世星。
其间，克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造为一种新式武器，克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。
在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测。他们很快便在地面上发现了生命形式，出于好奇心的驱使，他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数，他们发现了幼年斯波克的活体：成长速度奇快，但却没有意识或灵魂。
克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（Mutara Sector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命，柯克使用了一个计谋来重新掌控局势，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了重新占据上风，冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送上了创世星，目睹着进取号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。
柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开始了剧烈的爆炸。
在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功，复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的船员们，为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他；柯克告诉他，有些时候需要“牺牲小我，成全大我”。
明日香，绫波，美里，司令，大家都与过去的自己和解了。真嗣长大了。我也是。"永别了，所有的Evangelion。"
看完两天后，仍不能释怀，把 4 集重温了一遍。被真希波圈粉了，爱了爱了，一个男孩成熟后会爱上成熟的女人。EVA，yyds。
“但我比你更早成长为了一个大人”。
像是痞子在《真心为你》报复社会后重新得到了一次机会来赎罪，还给大家一个美好的结局，与过去的所有人，剧中的、剧外的，一一和解。
看得出来痞子的20年成长哈哈哈哈，做了一回温柔的大人呢
人类就算长大了，人类还是需要EVA啊，不要离开。
过分古怪，像是一场非常自恋的导演与系列粉丝的狂欢，但我确实没能get到，也终究无法喜欢。
good luck……”
「もう分かっているよ この世の終わりでも 年をとっても 忘れられない人 I love you more than you'll ever know」
巨大的人形兵器大战已经被玩明白了，属于是。充满线条感的机械是属于男人的浪漫。痞子同时又把女性身体柔美的曲线玩透了。一刚一柔，皆有所指。最后一段的自言自语终于把魔鬼监督内心的一点童年回忆和心事说出来了，多少年了，你终于消解了自己的AT Field，向市场稍做了一次妥协
6.13 横滨DOLBY
对于老EVA粉丝来说，这是真正的人类补完计划，补完了我的一个梦。看完的感受就是满足，十分满足，没有任何想吐槽的地方。这就是成人化的剧情对成人后的观众的温柔。面对纷乱的世界，很难不开始理解碇源堂的选择——只要能与相爱的人再会，毁灭世界、精神大同有何不可？而结局包容和谅解了一切：只要相爱，就能与相爱的人再会。
非粉看来，就是用一个非常宏大且没有什么逻辑的设定来讲一个朴素的内核，也都是执念吧。。
庵野秀明与自己和解了，真嗣也长大了，结局我接受了，我们都有了自己的beautiful world
之前那个需要被补完的男孩，长成了大人了，不会再逃避，主动要求驾驶初号机，可以去补完他人了。
真嗣和明日香本来就不怎么般配，眼镜娘于我也有点儿奇怪，那句中文"再见"是啥意思？
只是看个爽绝对足够了，也别怪庵野秀明，如今不存在创作出真正好作品的土壤，只可惜没有早点结束这个系列，拧巴的价值观落脚点也算是创作者在这个烂透了时代的一种求仁得仁吧，这么想就挺好理解的。
虽说还不错, 但对我而言, TV版+Air/真心为你, 是无可撼动也无法被替代的.
永别了，所有的福音战士
谢谢你，庵野秀明。
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